合成水晶最大的特点是有子晶晶核。合成水晶若有晶核则较好判断，因为晶核一般为无色的长板柱状，与周围合成晶界线清楚。但近来市面上一些无色合成水晶，因晶核和合成晶都是无色，加之在晶核中有一些天然包体特征或在晶核与合成晶之间的一些气泡，使一些未有经验的人很容易误认为是天然水晶，仔细观察就会发现，晶核中的包体仅存在于子核柱内，四周有一种被一无形墙截住，断而不延之感觉。晶核与合成晶之间的气泡都沿晶核壁分布，形成相互平行的“气泡壁”。有些气泡呈蝌蚪状，头多向壁尾向外排列。天然水晶中也常有沿一个面排列的群包体出现，但这个面常是单一的、有起伏变化的，并且组成该面的包体在宝石显微镜下会发现多为二相包裹体，而不只是气泡。两者的区别还是明显的。

　　合成水晶尤其是彩色合成水晶的第二个特点是颜色均一。整串项链色较均一，尤其是黄色水晶系列及茶色、黑色的合成晶。而天然的黄色和茶色、黑色水晶色常不均一。天然水晶不仅色不均一，而且常常茶色调（除茶色水晶外），更有趣的是在晚上白炽灯下，茶黄色水晶不带一点黄色，完全象茶色水晶，若和茶水晶混在一起竟不好辨认。而笔者所见到的合成黄水晶颜色都很纯正均一，有个别的色调较暗，但不带茶色调，且在晚上白炽灯下不会变色。

　　合成水晶的第三个特点是净洁无瑕。天然水晶中常有包裹体和绵，而合成水晶晶莹剔透。个别合成水晶有气泡或一些固体杂质。近来一些合成水晶内常有一些三角形长管状气孔，在这些气孔中有绿色或红色粉状物。这种长管的特点是沿一个方向平行排列，断面为三角形，内常有不均匀的绿色或红色粉状物沿壁分布，中间往往是空的，长管端头有变尖之趋势。而真正的天然发晶是含碧玺、阳起石、金红石等矿物的晶体，这些矿物各有其晶形，如阳起石的“竹节状”形态。它们被包在水晶中，无方向性随意排列，粗细长短名异，并常伴有天然水晶所固有的包裹体和绵等。

　　合成水晶可以通过颜色、种晶、包裹体特征、色带和双晶来鉴别。

　　1、颜色：合成水晶是在人工提供的相对稳定的条件下形成的晶体，因此其批量样品表现出过多的统一性，无色合成水晶可有统一的高透明度，而彩色合成水晶则表现出均匀、统一的颜色，有时受着色剂浓度的影响，颜色可有过深、过浅现象，而且颜色呆板、发假。如合成紫晶可有均匀的深紫色，同时带有蓝色色调；而天然紫晶一般都有颜色深浅不均的现象，而且颜色柔美、真实。

　　2、种晶：合成水晶中可见种晶板。种晶板即从天然水晶上切下呈板状晶体作为种晶，故称为“种晶板”。种晶板有无色、彩色两种。种晶板与后期生长晶体之间有清楚的界限和颜色差异。受高压釜内过饱和溶液或釜内温度波动的影响，一些杂质或自发形成的微晶粒落在种晶板的晶面上或有缺陷的部位，形成微小的花絮状双晶，在显微观察中双晶表面为灰白色雾状。种晶板的附近还常出现十分细小的应力裂纹，裂隙面呈弯折状，与种晶板成一定夹角排列。

　　3、包裹体特征：包裹体又称为宝石矿物的内含物。水晶包裹体品种繁多，可谓是“一个奇妙的矿物世界，丰富多彩的矿物博物馆”。所以在鉴别水晶时，关键是看水晶的包裹体。在合成水晶中主要出现的是锥辉石，或石英的微晶核，呈面包渣状。它们可能来源于那些未溶解的原料，当合成水晶生长条件较稳定时，“面包渣”就十分稀少，当生长条件不稳定时，特别是在合成水晶生长阶段发生中断时，在平行于种晶板的一些平面内“面包渣”大量出现，犹如“桌面灰尘”，一层甚至两、三层贯穿于整个晶体中。初学者常把这些“面包渣”或“桌面灰尘”当成天然水晶的证据。如果在高倍显微镜下仔细观察，天然水晶的“面包渣”多为细小的气液两相包裹体，而合成水晶的“面包渣”则为均一细小雏晶。

　　4、色带：合成紫晶与合成黄水晶中可出现色带，但仅出现一组色带，色带平行于种晶板。所谓色带是指晶体内具有条带状颜色。合成紫晶的色带平行于菱面体方向，合成黄水晶是垂直于晶体光轴的平行色带。

　　5、双晶：双晶是两个或两个以上的同种晶体按一定的对称规律形成的规则连生在一起。天然水晶中常出现巴西律聚片双晶，双晶可以贯穿整个晶体，也可能仅表现在晶体的局部。在天然水晶中非双晶区域可显示牛眼干涉图，而在双晶区域可显示“螺旋桨”状干涉图，而合成水晶中，一般可见牛眼干涉图，而看不到“螺旋桨”干涉图。